الدراسة في البداية كانت عبارة عن حلقات دراسية يعقدها السادة العلماء في أهم جوامع وزوايا المدينة وخاصة الجامع العتيق، وكانت مفتوحة للجميع، يحضرها الصغير والكبير، والمتعلم والأمي، والمواد التي كانت تدرس هي العلوم الدينية كالفقه والتفسير والحديث والتوحيد والأصول والنحو والصرف وغيرها. واستمرت هذه الحالة قرونا عديدة لعبت فيها هذه الحلقات الدراسية دورا أساسيا في التعلم والتثقيف وتكوين الهوية المغربية والدعوة إلى مقاومة الاستعمار. ثم أدخلت إصلاحات مهمة عليه من طرف المجلس الأعلى للتعليم الأساسي بالمنطقة الخليفية في الثلاثينات من القرن العشرين حيث وضعت القوانين، وحدد نظام الدراسة وطرق الامتحان ونيل الدرجات العلمية و تعيين الأساتذة وتوقيت الدراسة والكتب الدراسية وموادها، وتسجيل التلاميذ وغيابهم، وإدخال بعض العلوم الحديثة كالحساب والأدب والتاريخ والجغرافية والفلك، إلا أن أهم الإصلاحات التي أدخلت على هذا النوع من التعليم هي التي عرفها في عهد المرحومين الملك محمد الخامس وخلفه الحسن الثاني طيب الله ثراهما وأسكنهما فسيح جنانه، وأصبح هذا التعليم يدرس نفس المواد التي تدرس في التعليم الذي أحدثه الاستعمار إضافة إلى المواد الإسلامية، وعرفت الثانوية تنظيمات تربوية وإدارية حديثة لا تختلف عن غيرها. وتتوفر على أرشيف منظم تنظيما بديعا ينال إعجاب زائره.

هي الجوامع والزوايا ثم دار ورثة الحاج محمد الخطيب الكائنة بالمطامر، وهنا استبدل الحصير بالكراسي والمناضد لأل مرة. وفي عام 1961م انتقلت إلى معسكر أغطاس بباب النواذر الذي كان ثكنة عسكرية إسبانية. وعندما تقررت زيارة المرحوم الملك الحسن الثاني لتطوان سنة 1987 م وتهديم المعسكر وتحويله إلى موقف السيارات، انتقلت المؤسسة إلى مؤسسة تعليمية إسبانية كانت تابعة للكنيسة بشارع محمد الخامس قرب مسجد الحسن الثاني.